STRING Database

Serveur MCP par STRING Consortium

Query protein-protein interactions, functional enrichment, annotations, homology and networks from the STRING database.

Sans compte (Ni compte ni clé nécessaires)Streamable HTTP

Se connecter à STRING Database

Aucun compte nécessaire. Connectez-vous avec l’URL de STRING Database :

https://mcp.string-db.org/

Collez-la dans n’importe quel client compatible avec les serveurs MCP distants. Votre client parle directement à STRING Consortium, sans passer par mcp.tc.

Partager ce serveur

Ouvre cette page, avec l’URL et les étapes de configuration.

mcp.tc/i/string-db

Présentation

Connects an assistant to the STRING database of protein-protein interactions. You can resolve protein identifiers, list interaction partners, build and cluster networks, run functional and PPI enrichment, fetch curated annotations, find homologs across species and get links to interaction evidence pages.

It runs as a hosted streamable HTTP endpoint at mcp.string-db.org, and no sign-in or API key is needed. The source is MIT licensed and can also be run locally with Python 3.11 or newer, over HTTP or stdio, or in Docker.

Ce que vous pouvez faire

  • Resolve gene and protein names to STRING IDs and metadata
  • List interaction partners and interactions within a protein set
  • Generate network images and interactive STRING network links
  • Cluster interaction networks and describe each cluster
  • Run functional enrichment and PPI enrichment tests
  • Retrieve GO, KEGG and other functional annotations
  • Find homologs and search proteins by amino acid sequence
  • Export results as downloadable files

Outils 17

  • string_resolve_proteins

    Map protein identifiers to STRING metadata such as gene symbol, species and STRING ID.

  • string_interactions_query_set

    Get interactions between the proteins in the query set.

  • string_all_interaction_partners

    Get all interaction partners of the query proteins across STRING.

  • string_visual_network

    Get a URL to a STRING network image, optionally with per-protein values.

  • string_network_clustering

    Cluster a STRING network and return images, links and cluster details.

  • string_network_link

    Get a stable URL to an interactive STRING network.

  • string_homology

    Get pairwise homology bit scores within or across species.

  • string_interaction_evidence

    Get links to STRING evidence pages for protein pairs.

  • string_enrichment

    Run functional enrichment analysis on a protein set.

  • string_functional_annotation

    Retrieve curated annotations such as GO, KEGG and UniProt keywords.

  • string_enrichment_image_url

    Get an enrichment figure URL for a chosen category.

  • string_ppi_enrichment

    Test whether a network has more interactions than expected by chance.

Afficher 5 outils de plus
  • string_proteins_for_term

    Find proteins annotated with a tissue, disease, process, pathway or domain term.

  • string_sequence_search

    Find matching STRING proteins from amino acid sequences.

  • string_query_species

    Search species and clades in STRING and get NCBI taxon IDs.

  • string_create_file

    Create a downloadable file with STRING-derived results.

  • string_help

    Explain STRING features, edge legends and limitations.

Lus sur le serveur en direct le 3 oct. 2026.

Exemples de prompts

  • What does TP53 interact with in human? Show only high-confidence partners.

  • Run functional enrichment on BRCA1, BRCA2, ATM and CHEK2.

  • Cluster the network for these proteins and describe each cluster.

  • Find yeast homologs of human SMO and give the taxon IDs.

Configuration

Chaque client se connecte à mcp.string-db.org. Choisissez le vôtre ; la page retient votre choix.

Claude Code

  1. Lancez ceci dans un terminal, dans le dossier de votre projet :
claude mcp add --transport http string-db https://mcp.string-db.org/
  1. Démarrez Claude Code et tapez /mcp. string-db devrait apparaître comme connecté.

Ajoutez --scope user pour le rendre disponible dans tous vos projets, pas seulement celui-ci.

Claude Desktop

  1. Ouvrez Settings → Connectors et cliquez sur Add custom connector.
  2. Nommez-le STRING Database et collez cette URL :
https://mcp.string-db.org/
  1. Cliquez sur Add. Ses outils apparaissent dans le menu des outils de la conversation.

Le fichier de configuration JSON de Claude Desktop ne lance que des serveurs locaux. Les serveurs distants passent par les Connectors, et les connecteurs ajoutés sur claude.ai apparaissent aussi ici.

claude.ai

  1. Ouvrez le formulaire des connecteurs sur claude.ai. Ce bouton remplit le nom et l’URL pour vous :
  1. Vérifiez que l’URL est https://mcp.string-db.org/ et cliquez sur Add.
  2. Activez-le dans une conversation depuis le menu des outils.

Les offres gratuites permettent un connecteur personnalisé. Sur les offres Team et Enterprise, un propriétaire l’ajoute dans Organization settings → Connectors.

ChatGPT

  1. Sur chatgpt.com, ouvrez Settings → Security and login et activez Developer mode.
  2. Allez sur chatgpt.com/plugins et cliquez sur + pour créer une application pour un serveur MCP distant.
  3. Collez https://mcp.string-db.org/ comme URL du serveur et choisissez No authentication.

Le mode développeur est disponible sur le web pour les comptes Plus, Pro, Business, Enterprise et Education.

Cursor

Ou ajoutez-le à la main dans ~/.cursor/mcp.json (tous les projets) ou .cursor/mcp.json (ce projet) :

mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

VS Code

Ou depuis un terminal :

code --add-mcp '{"name":"string-db","type":"http","url":"https://mcp.string-db.org/"}'

Ou committez-le dans le dépôt, dans .vscode/mcp.json :

.vscode/mcp.json
{
  "servers": {
    "string-db": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

Devin Desktop

  1. Ajoutez-le à ~/.config/devin/mcp_config.json (macOS et Linux) ou %APPDATA%\devin\mcp_config.json (Windows) :
mcp_config.json
{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "serverUrl": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}
  1. Actualisez la liste des serveurs MCP dans Cascade.

Devin Desktop est le nouveau nom de Windsurf. Pour les serveurs distants, il lit serverUrl (ou url).

Codex

codex mcp add string-db --url https://mcp.string-db.org/

Ou modifiez directement ~/.codex/config.toml :

config.toml
[mcp_servers.string-db]
url = "https://mcp.string-db.org/"

Gemini CLI

gemini mcp add --transport http string-db https://mcp.string-db.org/

Cela l’ajoute au projet en cours. Ajoutez -s user pour l’utiliser partout.

Tout client

La plupart des clients acceptent cette forme. Certains nomment autrement le champ de l’URL : serverUrl dans Devin Desktop, httpUrl dans le fichier de réglages de Gemini CLI.

{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

Zed place les serveurs sous context_servers dans ses réglages. Cline a besoin de "type": "streamableHttp", sinon il suppose SSE.

Votre client ne lance que des serveurs locaux ? Reliez-le avec npx -y mcp-remote https://mcp.string-db.org/.

FAQ

Puis-je coller mcp.tc/i/string-db dans mon client MCP ?

Non. Les liens mcp.tc sont des pages, pas des adresses de serveur. Connectez-vous avec https://mcp.string-db.org/, pour que votre client parle directement à STRING Database. Le lien rapide sert au partage : il ouvre cette page, avec les étapes de configuration pour chaque client.

STRING Database a-t-il besoin d’une clé API ou d’une connexion ?

Non. STRING Database ne demande ni compte ni clé.

STRING Database est-il un serveur distant ou local ?

Distant. STRING Consortium l’héberge à https://mcp.string-db.org/, et il utilise Streamable HTTP. Il n’y a rien à installer.

Que peut faire STRING Database ?

Il a 17 outils, dont string_resolve_proteins, string_interactions_query_set et string_all_interaction_partners. Vous pouvez resolve gene and protein names to STRING IDs and metadata, list interaction partners and interactions within a protein set et generate network images and interactive STRING network links.

Quels clients peuvent l’utiliser ?

Tout client compatible avec les serveurs MCP distants : Claude Code, Claude Desktop, claude.ai, ChatGPT en mode développeur, Cursor, VS Code, Devin Desktop, Codex, Gemini CLI, Zed et d’autres. Les étapes de configuration couvrent chacun d’eux.

Qui a rédigé cette page ?

Le robot de mcp.tc a lu les métadonnées de STRING Database (son handshake MCP, sa liste d’outils et ses pages publiques), et un modèle d’IA en a tiré le texte. Une personne examine tout ce que les vérifications ne peuvent pas confirmer. Le texte peut encore contenir des erreurs : si vous en repérez une, utilisez Signaler cette fiche sur cette page.

Intégrer

Affichez STRING Database dans un README ou sur votre site. Chaque intégration renvoie à cette page, utilise l’URL du serveur et ne dépose aucun cookie. Comment fonctionnent les intégrations

Badge pour README

Aperçu du badge, clairAperçu du badge, sombre
Markdown
[![STRING Database on mcp.tc](https://mcp.tc/i/string-db/badge.svg)](https://mcp.tc/i/string-db)
HTML
<a href="https://mcp.tc/i/string-db"><img src="https://mcp.tc/i/string-db/badge.svg" alt="STRING Database on mcp.tc" height="20"></a>

Il suit le mode clair ou sombre du lecteur. Ajoutez ?theme=light ou ?theme=dark pour le fixer, ou ?style=compact pour afficher le symbole sans le nom.

Carte pour site web

HTML
<script src="https://mcp.tc/w/string-db.js" async></script>

La carte apparaît à l’endroit de la balise. Ajoutez data-theme="dark" ou data-size="compact" à la balise pour la modifier. Le fichier contient tout ce qu’il lui faut : il ne fait aucune autre requête et ne dépose aucun cookie.

iframe

HTML
<iframe src="https://mcp.tc/embed/string-db" title="STRING Database on mcp.tc" width="420" height="200" loading="lazy" allow="clipboard-write" style="border:0;border-radius:8px;max-width:100%"></iframe>

Utilisez-la sur les pages qui n’autorisent pas les scripts. Ajoutez ?theme=light ou ?theme=dark à l’adresse pour fixer les couleurs.

JSON

La fiche sous forme de données pour vos pages et vos outils : nom, accroche, URL du serveur, outils et liens « Add to ». N’importe quel site peut la lire (CORS ouvert).

https://mcp.tc/i/string-db.json

Ce que signifie chaque champ

mcp.tc n’est pas affilié à STRING Consortium. Cette page a été construite à partir des métadonnées publiques de STRING Database, vérifiées pour la dernière fois le 3 oct. 2026, et un modèle d’IA a rédigé la description : elle peut contenir des erreurs. Les noms et marques appartiennent à leurs propriétaires. Quelque chose cloche ? Signaler cette fiche.