STRING Database
Serveur MCP par STRING Consortium
Query protein-protein interactions, functional enrichment, annotations, homology and networks from the STRING database.
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Aucun compte nécessaire. Connectez-vous avec l’URL de STRING Database :
Collez-la dans n’importe quel client compatible avec les serveurs MCP distants. Votre client parle directement à STRING Consortium, sans passer par mcp.tc.
Partager ce serveur
Ouvre cette page, avec l’URL et les étapes de configuration.
mcp.tc/i/string-dbPrésentation
Connects an assistant to the STRING database of protein-protein interactions. You can resolve protein identifiers, list interaction partners, build and cluster networks, run functional and PPI enrichment, fetch curated annotations, find homologs across species and get links to interaction evidence pages.
It runs as a hosted streamable HTTP endpoint at mcp.string-db.org, and no sign-in or API key is needed. The source is MIT licensed and can also be run locally with Python 3.11 or newer, over HTTP or stdio, or in Docker.
Ce que vous pouvez faire
- Resolve gene and protein names to STRING IDs and metadata
- List interaction partners and interactions within a protein set
- Generate network images and interactive STRING network links
- Cluster interaction networks and describe each cluster
- Run functional enrichment and PPI enrichment tests
- Retrieve GO, KEGG and other functional annotations
- Find homologs and search proteins by amino acid sequence
- Export results as downloadable files
Outils 17
string_resolve_proteinsMap protein identifiers to STRING metadata such as gene symbol, species and STRING ID.
string_interactions_query_setGet interactions between the proteins in the query set.
string_all_interaction_partnersGet all interaction partners of the query proteins across STRING.
string_visual_networkGet a URL to a STRING network image, optionally with per-protein values.
string_network_clusteringCluster a STRING network and return images, links and cluster details.
string_network_linkGet a stable URL to an interactive STRING network.
string_homologyGet pairwise homology bit scores within or across species.
string_interaction_evidenceGet links to STRING evidence pages for protein pairs.
string_enrichmentRun functional enrichment analysis on a protein set.
string_functional_annotationRetrieve curated annotations such as GO, KEGG and UniProt keywords.
string_enrichment_image_urlGet an enrichment figure URL for a chosen category.
string_ppi_enrichmentTest whether a network has more interactions than expected by chance.
Afficher 5 outils de plus
string_proteins_for_termFind proteins annotated with a tissue, disease, process, pathway or domain term.
string_sequence_searchFind matching STRING proteins from amino acid sequences.
string_query_speciesSearch species and clades in STRING and get NCBI taxon IDs.
string_create_fileCreate a downloadable file with STRING-derived results.
string_helpExplain STRING features, edge legends and limitations.
Lus sur le serveur en direct le 3 oct. 2026.
Exemples de prompts
What does TP53 interact with in human? Show only high-confidence partners.
Run functional enrichment on BRCA1, BRCA2, ATM and CHEK2.
Cluster the network for these proteins and describe each cluster.
Find yeast homologs of human SMO and give the taxon IDs.
Configuration
Chaque client se connecte à mcp.string-db.org. Choisissez le vôtre ; la page retient votre choix.
Claude Code
- Lancez ceci dans un terminal, dans le dossier de votre projet :
claude mcp add --transport http string-db https://mcp.string-db.org/- Démarrez Claude Code et tapez
/mcp. string-db devrait apparaître comme connecté.
Ajoutez --scope user pour le rendre disponible dans tous vos projets, pas seulement celui-ci.
Claude Desktop
- Ouvrez Settings → Connectors et cliquez sur Add custom connector.
- Nommez-le STRING Database et collez cette URL :
https://mcp.string-db.org/- Cliquez sur Add. Ses outils apparaissent dans le menu des outils de la conversation.
Le fichier de configuration JSON de Claude Desktop ne lance que des serveurs locaux. Les serveurs distants passent par les Connectors, et les connecteurs ajoutés sur claude.ai apparaissent aussi ici.
claude.ai
- Ouvrez le formulaire des connecteurs sur claude.ai. Ce bouton remplit le nom et l’URL pour vous :
Ajouter à claude.ai (s’ouvre dans un nouvel onglet)
- Vérifiez que l’URL est
https://mcp.string-db.org/et cliquez sur Add. - Activez-le dans une conversation depuis le menu des outils.
Les offres gratuites permettent un connecteur personnalisé. Sur les offres Team et Enterprise, un propriétaire l’ajoute dans Organization settings → Connectors.
ChatGPT
- Sur chatgpt.com, ouvrez Settings → Security and login et activez Developer mode.
- Allez sur
chatgpt.com/pluginset cliquez sur + pour créer une application pour un serveur MCP distant. - Collez
https://mcp.string-db.org/comme URL du serveur et choisissez No authentication.
Le mode développeur est disponible sur le web pour les comptes Plus, Pro, Business, Enterprise et Education.
Cursor
Ajouter à Cursor (s’ouvre dans un nouvel onglet)
Ou ajoutez-le à la main dans ~/.cursor/mcp.json (tous les projets) ou .cursor/mcp.json (ce projet) :
{
"mcpServers": {
"string-db": {
"url": "https://mcp.string-db.org/"
}
}
}VS Code
Installer dans VS Code (s’ouvre dans un nouvel onglet)
Ou depuis un terminal :
code --add-mcp '{"name":"string-db","type":"http","url":"https://mcp.string-db.org/"}'Ou committez-le dans le dépôt, dans .vscode/mcp.json :
{
"servers": {
"string-db": {
"type": "http",
"url": "https://mcp.string-db.org/"
}
}
}Devin Desktop
- Ajoutez-le à
~/.config/devin/mcp_config.json(macOS et Linux) ou%APPDATA%\devin\mcp_config.json(Windows) :
{
"mcpServers": {
"string-db": {
"serverUrl": "https://mcp.string-db.org/"
}
}
}- Actualisez la liste des serveurs MCP dans Cascade.
Devin Desktop est le nouveau nom de Windsurf. Pour les serveurs distants, il lit serverUrl (ou url).
Codex
codex mcp add string-db --url https://mcp.string-db.org/Ou modifiez directement ~/.codex/config.toml :
[mcp_servers.string-db]
url = "https://mcp.string-db.org/"Gemini CLI
gemini mcp add --transport http string-db https://mcp.string-db.org/Cela l’ajoute au projet en cours. Ajoutez -s user pour l’utiliser partout.
Tout client
La plupart des clients acceptent cette forme. Certains nomment autrement le champ de l’URL : serverUrl dans Devin Desktop, httpUrl dans le fichier de réglages de Gemini CLI.
{
"mcpServers": {
"string-db": {
"type": "http",
"url": "https://mcp.string-db.org/"
}
}
}Zed place les serveurs sous context_servers dans ses réglages. Cline a besoin de "type": "streamableHttp", sinon il suppose SSE.
Votre client ne lance que des serveurs locaux ? Reliez-le avec npx -y mcp-remote https://mcp.string-db.org/.
FAQ
Puis-je coller mcp.tc/i/string-db dans mon client MCP ?
Non. Les liens mcp.tc sont des pages, pas des adresses de serveur. Connectez-vous avec https://mcp.string-db.org/, pour que votre client parle directement à STRING Database. Le lien rapide sert au partage : il ouvre cette page, avec les étapes de configuration pour chaque client.
STRING Database a-t-il besoin d’une clé API ou d’une connexion ?
Non. STRING Database ne demande ni compte ni clé.
STRING Database est-il un serveur distant ou local ?
Distant. STRING Consortium l’héberge à https://mcp.string-db.org/, et il utilise Streamable HTTP. Il n’y a rien à installer.
Que peut faire STRING Database ?
Il a 17 outils, dont string_resolve_proteins, string_interactions_query_set et string_all_interaction_partners. Vous pouvez resolve gene and protein names to STRING IDs and metadata, list interaction partners and interactions within a protein set et generate network images and interactive STRING network links.
Quels clients peuvent l’utiliser ?
Tout client compatible avec les serveurs MCP distants : Claude Code, Claude Desktop, claude.ai, ChatGPT en mode développeur, Cursor, VS Code, Devin Desktop, Codex, Gemini CLI, Zed et d’autres. Les étapes de configuration couvrent chacun d’eux.
Qui a rédigé cette page ?
Le robot de mcp.tc a lu les métadonnées de STRING Database (son handshake MCP, sa liste d’outils et ses pages publiques), et un modèle d’IA en a tiré le texte. Une personne examine tout ce que les vérifications ne peuvent pas confirmer. Le texte peut encore contenir des erreurs : si vous en repérez une, utilisez Signaler cette fiche sur cette page.
Intégrer
Affichez STRING Database dans un README ou sur votre site. Chaque intégration renvoie à cette page, utilise l’URL du serveur et ne dépose aucun cookie. Comment fonctionnent les intégrations
Badge pour README
[](https://mcp.tc/i/string-db)<a href="https://mcp.tc/i/string-db"><img src="https://mcp.tc/i/string-db/badge.svg" alt="STRING Database on mcp.tc" height="20"></a>Il suit le mode clair ou sombre du lecteur. Ajoutez ?theme=light ou ?theme=dark pour le fixer, ou ?style=compact pour afficher le symbole sans le nom.
Carte pour site web
<script src="https://mcp.tc/w/string-db.js" async></script>La carte apparaît à l’endroit de la balise. Ajoutez data-theme="dark" ou data-size="compact" à la balise pour la modifier. Le fichier contient tout ce qu’il lui faut : il ne fait aucune autre requête et ne dépose aucun cookie.
iframe
<iframe src="https://mcp.tc/embed/string-db" title="STRING Database on mcp.tc" width="420" height="200" loading="lazy" allow="clipboard-write" style="border:0;border-radius:8px;max-width:100%"></iframe>Utilisez-la sur les pages qui n’autorisent pas les scripts. Ajoutez ?theme=light ou ?theme=dark à l’adresse pour fixer les couleurs.
JSON
La fiche sous forme de données pour vos pages et vos outils : nom, accroche, URL du serveur, outils et liens « Add to ». N’importe quel site peut la lire (CORS ouvert).
https://mcp.tc/i/string-db.jsonmcp.tc n’est pas affilié à STRING Consortium. Cette page a été construite à partir des métadonnées publiques de STRING Database, vérifiées pour la dernière fois le 3 oct. 2026, et un modèle d’IA a rédigé la description : elle peut contenir des erreurs. Les noms et marques appartiennent à leurs propriétaires. Quelque chose cloche ? Signaler cette fiche.