STRING Database

Server MCP di STRING Consortium

Query protein-protein interactions, functional enrichment, annotations, homology and networks from the STRING database.

Senza account (Non servono account né chiavi)Streamable HTTP

Collegati a STRING Database

Non serve un account. Collegati con l’URL di STRING Database:

https://mcp.string-db.org/

Incollalo in qualsiasi client che supporti i server MCP remoti. Il tuo client parla direttamente con STRING Consortium, non attraverso mcp.tc.

Condividi questo server

Apre questa pagina, con l’URL e i passaggi di configurazione.

mcp.tc/i/string-db

Descrizione

Connects an assistant to the STRING database of protein-protein interactions. You can resolve protein identifiers, list interaction partners, build and cluster networks, run functional and PPI enrichment, fetch curated annotations, find homologs across species and get links to interaction evidence pages.

It runs as a hosted streamable HTTP endpoint at mcp.string-db.org, and no sign-in or API key is needed. The source is MIT licensed and can also be run locally with Python 3.11 or newer, over HTTP or stdio, or in Docker.

Cosa puoi fare

  • Resolve gene and protein names to STRING IDs and metadata
  • List interaction partners and interactions within a protein set
  • Generate network images and interactive STRING network links
  • Cluster interaction networks and describe each cluster
  • Run functional enrichment and PPI enrichment tests
  • Retrieve GO, KEGG and other functional annotations
  • Find homologs and search proteins by amino acid sequence
  • Export results as downloadable files

Tool 17

  • string_resolve_proteins

    Map protein identifiers to STRING metadata such as gene symbol, species and STRING ID.

  • string_interactions_query_set

    Get interactions between the proteins in the query set.

  • string_all_interaction_partners

    Get all interaction partners of the query proteins across STRING.

  • string_visual_network

    Get a URL to a STRING network image, optionally with per-protein values.

  • string_network_clustering

    Cluster a STRING network and return images, links and cluster details.

  • string_network_link

    Get a stable URL to an interactive STRING network.

  • string_homology

    Get pairwise homology bit scores within or across species.

  • string_interaction_evidence

    Get links to STRING evidence pages for protein pairs.

  • string_enrichment

    Run functional enrichment analysis on a protein set.

  • string_functional_annotation

    Retrieve curated annotations such as GO, KEGG and UniProt keywords.

  • string_enrichment_image_url

    Get an enrichment figure URL for a chosen category.

  • string_ppi_enrichment

    Test whether a network has more interactions than expected by chance.

Mostra altri 5 tool
  • string_proteins_for_term

    Find proteins annotated with a tissue, disease, process, pathway or domain term.

  • string_sequence_search

    Find matching STRING proteins from amino acid sequences.

  • string_query_species

    Search species and clades in STRING and get NCBI taxon IDs.

  • string_create_file

    Create a downloadable file with STRING-derived results.

  • string_help

    Explain STRING features, edge legends and limitations.

Letti dal server attivo (3 ott 2026).

Prompt di esempio

  • What does TP53 interact with in human? Show only high-confidence partners.

  • Run functional enrichment on BRCA1, BRCA2, ATM and CHEK2.

  • Cluster the network for these proteins and describe each cluster.

  • Find yeast homologs of human SMO and give the taxon IDs.

Configurazione

Ogni client si collega a mcp.string-db.org. Scegli il tuo; la pagina ricorda la tua scelta.

Claude Code

  1. Eseguilo in un terminale, nella cartella del tuo progetto:
claude mcp add --transport http string-db https://mcp.string-db.org/
  1. Avvia Claude Code e digita /mcp. string-db dovrebbe risultare collegato.

Aggiungi --scope user per renderlo disponibile in tutti i progetti, non solo in questo.

Claude Desktop

  1. Apri Settings → Connectors e fai clic su Add custom connector.
  2. Chiamalo STRING Database e incolla questo URL:
https://mcp.string-db.org/
  1. Fai clic su Add. I suoi tool compaiono nel menu degli strumenti della chat.

Il file di configurazione JSON di Claude Desktop avvia solo server locali. I server remoti passano dai Connectors, e i connettori che aggiungi su claude.ai compaiono anche qui.

claude.ai

  1. Apri il modulo dei connettori su claude.ai. Questo pulsante compila nome e URL per te:
  1. Controlla che l’URL sia https://mcp.string-db.org/ e fai clic su Add.
  2. Attivalo in una chat dal menu degli strumenti.

I piani gratuiti consentono un connettore personalizzato. Nei piani Team ed Enterprise lo aggiunge un owner in Organization settings → Connectors.

ChatGPT

  1. Su chatgpt.com apri Settings → Security and login e attiva Developer mode.
  2. Vai su chatgpt.com/plugins e fai clic su + per creare un’app per un server MCP remoto.
  3. Incolla https://mcp.string-db.org/ come URL del server e scegli No authentication.

La modalità sviluppatore è disponibile sul web per gli account Plus, Pro, Business, Enterprise ed Education.

Cursor

Oppure aggiungilo a mano in ~/.cursor/mcp.json (tutti i progetti) o in .cursor/mcp.json (questo progetto):

mcp.json
{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

VS Code

Oppure da un terminale:

code --add-mcp '{"name":"string-db","type":"http","url":"https://mcp.string-db.org/"}'

Oppure fai commit nel repository in .vscode/mcp.json:

.vscode/mcp.json
{
  "servers": {
    "string-db": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

Devin Desktop

  1. Aggiungilo a ~/.config/devin/mcp_config.json (macOS e Linux) o a %APPDATA%\devin\mcp_config.json (Windows):
mcp_config.json
{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "serverUrl": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}
  1. Aggiorna l’elenco dei server MCP in Cascade.

Devin Desktop è il nuovo nome di Windsurf. Per i server remoti legge serverUrl (o url).

Codex

codex mcp add string-db --url https://mcp.string-db.org/

Oppure modifica direttamente ~/.codex/config.toml:

config.toml
[mcp_servers.string-db]
url = "https://mcp.string-db.org/"

Gemini CLI

gemini mcp add --transport http string-db https://mcp.string-db.org/

Così lo aggiungi al progetto corrente. Aggiungi -s user per usarlo ovunque.

Qualsiasi client

La maggior parte dei client accetta questa forma. Alcuni chiamano diversamente il campo dell’URL: serverUrl in Devin Desktop, httpUrl nel file di impostazioni di Gemini CLI.

{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.string-db.org/"
    }
  }
}

Zed mette i server sotto context_servers nelle sue impostazioni. Cline ha bisogno di "type": "streamableHttp", altrimenti presume SSE.

Il tuo client avvia solo server locali? Collegalo con npx -y mcp-remote https://mcp.string-db.org/.

Domande frequenti

Posso incollare mcp.tc/i/string-db nel mio client MCP?

No. I link di mcp.tc sono pagine, non indirizzi di server. Collegati con https://mcp.string-db.org/, così il tuo client parla direttamente con STRING Database. Il link rapido serve per condividere: apre questa pagina, con i passaggi di configurazione per ogni client.

STRING Database richiede una chiave API o un accesso?

No. STRING Database non chiede account né chiavi.

STRING Database è un server remoto o locale?

Remoto. Lo ospita STRING Consortium a https://mcp.string-db.org/, e usa Streamable HTTP. Non c’è nulla da installare.

Cosa può fare STRING Database?

Ha 17 tool, tra cui string_resolve_proteins, string_interactions_query_set e string_all_interaction_partners. Puoi resolve gene and protein names to STRING IDs and metadata, list interaction partners and interactions within a protein set e generate network images and interactive STRING network links.

Quali client possono usarlo?

Qualsiasi client che supporta i server MCP remoti: Claude Code, Claude Desktop, claude.ai, ChatGPT in modalità sviluppatore, Cursor, VS Code, Devin Desktop, Codex, Gemini CLI, Zed e altri. I passaggi di configurazione li coprono tutti.

Chi ha scritto questa pagina?

Il robot di mcp.tc ha letto i metadati di STRING Database (il suo handshake MCP, l’elenco dei tool e le pagine pubbliche), e un modello di AI ne ha ricavato il testo. Una persona esamina tutto ciò che i controlli non riescono a confermare. Il testo può comunque contenere errori, quindi se ne trovi uno usa Segnala questa scheda su questa pagina.

Embed

Mostra STRING Database in un README o sul tuo sito. Ogni embed rimanda a questa pagina, usa l’URL del server stesso e non imposta cookie. Come funzionano gli embed

Badge per il README

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Markdown
[![STRING Database on mcp.tc](https://mcp.tc/i/string-db/badge.svg)](https://mcp.tc/i/string-db)
HTML
<a href="https://mcp.tc/i/string-db"><img src="https://mcp.tc/i/string-db/badge.svg" alt="STRING Database on mcp.tc" height="20"></a>

Segue la modalità chiara o scura di chi legge. Aggiungi ?theme=light o ?theme=dark per fissarla, oppure ?style=compact per mostrare il simbolo senza la scritta.

Scheda per il sito

HTML
<script src="https://mcp.tc/w/string-db.js" async></script>

La scheda compare dove si trova il tag. Aggiungi data-theme="dark" o data-size="compact" al tag per cambiarla. Il file contiene tutto ciò che serve, quindi non fa altre richieste e non imposta cookie.

iframe

HTML
<iframe src="https://mcp.tc/embed/string-db" title="STRING Database on mcp.tc" width="420" height="200" loading="lazy" allow="clipboard-write" style="border:0;border-radius:8px;max-width:100%"></iframe>

Usalo nelle pagine che non consentono script. Aggiungi ?theme=light o ?theme=dark all’indirizzo per fissare i colori.

JSON

La scheda come dati per le tue pagine e i tuoi strumenti: nome, descrizione breve, URL del server, tool e i link «Aggiungi a». Qualsiasi sito può leggerla (CORS aperto).

https://mcp.tc/i/string-db.json

Cosa significa ogni campo

mcp.tc non è affiliato a STRING Consortium. Questa pagina è stata costruita dai metadati pubblici di STRING Database (ultimo controllo: 3 ott 2026), e la descrizione l’ha scritta un modello di AI, quindi può contenere errori. Nomi e marchi appartengono ai rispettivi titolari. Qualcosa non va? Segnala questa scheda.