AlphaFold Sovereign

Über den Server

Bindet AlphaFold DB, MONDO, HPO, Open Targets, ClinVar, gnomAD, DisGeNET, ChEMBL und Ensembl über MCP-Tool-Aufrufe ein. Außerdem kombiniert er sie zu Workflows über mehrere Quellen, etwa Variant-Cross-Reference-Berichte, Krankheits-Target-Zusammenfassungen, heuristische Druggability-Bewertung, Drug-Repurposing-Ranking und Vergleich der strukturellen Distanz mit Persistent-Homology-Fingerprints. Ein lokaler SQLite-Wissensgraph bietet Tools für Abfrage, Export und Traversierung.

Läuft als lokaler Python-Prozess über stdio und wird mit uvx alphafold-sovereign-mcp gestartet (Python 3.10 bis 3.13). Im Online-Modus senden die Tools Bezeichner an die öffentlichen Upstream-APIs, und DisGeNET braucht einen eigenen kostenlosen API-Schlüssel. Mit ALPHAFOLD_OFFLINE=1 werden ausgehende Anfragen blockiert. Die Ausgaben sind Forschungshilfen und nicht ohne fachliche Prüfung für den klinischen Einsatz gedacht.

Was du damit machen kannst

• Proteinstrukturdaten aus AlphaFold DB abrufen
• ClinVar, gnomAD, Ensembl, ChEMBL und Open Targets abfragen
• Krankheits- und Phänotypbegriffe in MONDO und HPO nachschlagen
• Entwürfe von Variant-Cross-Reference-Berichten erzeugen
• Druggability von Targets mit einer heuristischen Stufe bewerten
• Proteine nach topologischer Strukturdistanz vergleichen
• Einen lokalen SQLite-Wissensgraph abfragen und exportieren
• Offline-Betrieb, damit keine Bezeichner den Rechner verlassen

Tools

Lokale Server zeigen ihre Tools erst, wenn sie laufen, deshalb können wir sie hier nicht anzeigen. Die Liste findest du in seiner Dokumentation; dein Client zeigt sie, nachdem du ihn hinzugefügt hast.

Beispiel-Prompts

• Hole die AlphaFold-Struktur für menschliches TP53 und fasse das pLDDT-Konfidenzmaß zusammen

• Erstelle einen Variant-Cross-Reference-Bericht für BRCA1 c.5266dupC

• Bewerte die Druggability von EGFR mit Daten aus Open Targets und ChEMBL

• Zeig die Krankheiten, die mit einem Target im lokalen Wissensgraph verknüpft sind

Einrichtung

Jeder Client startet AlphaFold Sovereign mit demselben Befehl auf deinem Rechner. Wähl deinen; die Seite merkt sich deine Wahl.

claude mcp add --transport stdio alphafold-sovereign -- uvx alphafold-sovereign-mcp

{
  "mcpServers": {
    "alphafold-sovereign": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "alphafold-sovereign-mcp"
      ]
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "alphafold-sovereign": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "alphafold-sovereign-mcp"
      ]
    }
  }
}

code --add-mcp '{"name":"alphafold-sovereign","type":"stdio","command":"uvx","args":["alphafold-sovereign-mcp"]}'

{
  "servers": {
    "alphafold-sovereign": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "alphafold-sovereign-mcp"
      ]
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "alphafold-sovereign": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "alphafold-sovereign-mcp"
      ]
    }
  }
}

codex mcp add alphafold-sovereign -- uvx alphafold-sovereign-mcp

[mcp_servers.alphafold-sovereign]
command = "uvx"
args = ["alphafold-sovereign-mcp"]

gemini mcp add alphafold-sovereign uvx alphafold-sovereign-mcp

{
  "mcpServers": {
    "alphafold-sovereign": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "alphafold-sovereign-mcp"
      ]
    }
  }
}

Einbinden

Zeig AlphaFold Sovereign in einem README oder auf deiner Website. Jede Einbindung verlinkt auf diese Seite, nutzt den Installationsbefehl des Servers und setzt keine Cookies. So funktionieren Einbindungen

Karte, iframe und JSON sind auf Englisch. Häng ?lang=it, fr, de oder es an ihre Adresse an, um eine andere Sprache zu bekommen.

README-Badge Website-Karte iframe JSON KI-Prompt

README-Badge

Markdown

[![AlphaFold Sovereign on mcp.tc](https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign/badge.svg)](https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign)

HTML

<a href="https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign"><img src="https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign/badge.svg" alt="AlphaFold Sovereign on mcp.tc" height="20"></a>

Es folgt dem hellen oder dunklen Modus der Lesenden. Hänge ?theme=light oder ?theme=dark an, um ihn festzulegen, oder ?style=compact, um das Zeichen ohne Schriftzug zu zeigen.

Website-Karte

HTML

<script src="https://mcp.tc/w/alphafold-sovereign.js" async></script>

Die Karte erscheint dort, wo das Tag steht. Füge dem Tag data-theme="dark" oder data-size="compact" hinzu, um sie zu ändern. Die Datei enthält alles, was sie braucht, stellt also keine weiteren Anfragen und setzt keine Cookies.

iframe

HTML

<iframe src="https://mcp.tc/embed/alphafold-sovereign" title="AlphaFold Sovereign on mcp.tc" width="420" height="200" loading="lazy" allow="clipboard-write" style="border:0;border-radius:8px;max-width:100%"></iframe>

Nutze es auf Seiten, die keine Skripte erlauben. Hänge ?theme=light oder ?theme=dark an die Adresse an, um die Farben festzulegen.

JSON

Der Eintrag als Daten für deine eigenen Seiten und Tools: Name, Kurzbeschreibung, Installationsbefehl, Tools und die „Add to“-Links. Jede Website kann ihn lesen (CORS ist offen).

https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign.json

Was jedes Feld bedeutet

KI-Prompt

Füg ihn in einen KI-Coding-Assistenten wie Claude Code oder Cursor ein, und er baut die Karte von AlphaFold Sovereign in deine Website ein.

Markdown

Füge meiner Website die mcp.tc-Karte für den MCP-Server AlphaFold Sovereign hinzu. Es ist ein einziges statisches Skript: kein Build-Schritt, kein Paket zu installieren, keine Cookies.

Setz dieses Tag dorthin, wo die Karte erscheinen soll. Die Karte erscheint direkt davor:

```html
<script src="https://mcp.tc/w/alphafold-sovereign.js" async></script>
```

Um sie woanders zu zeigen, setz dort diesen Platzhalter ein und lade dasselbe Skript nur einmal, zum Beispiel vor `</body>`. Lass den Link darin stehen: Besucher ohne JavaScript sehen ihn.

```html
<div data-mcptc="alphafold-sovereign"><a href="https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign">AlphaFold Sovereign on mcp.tc</a></div>
```

Optionen:
- `data-theme="light"` oder `"dark"` am Tag oder Platzhalter legt die Farben fest. Ohne das Attribut folgt die Karte dem hellen oder dunklen Modus der Besucher.
- `data-size="compact"` ergibt eine kleinere Karte ohne Kurzbeschreibung.
- Die CSS-Variable `--mcptc-max-width` am Platzhalter oder einem Elternelement legt die Breite fest (Standard `520px`).
- `?lang=` in der Skript-URL legt die Sprache der Karte fest: `en`, `it`, `fr`, `de` oder `es`.

Wenn die Website eine Content Security Policy hat, erlaube `script-src https://mcp.tc` und `img-src data:` (das Icon ist eingebettet).

Für ein README oder andere Markdown-Dokumentation nimm stattdessen das Badge:

```markdown
[![AlphaFold Sovereign on mcp.tc](https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign/badge.svg)](https://mcp.tc/i/alphafold-sovereign)
```

Referenz: https://mcp.tc/de/embed

Änderungsverlauf

Dieser Server läuft auf deinem Computer, deshalb verfolgen wir sein PyPI-Paket: Jede neue Version erscheint hier, dazu Änderungen seines Betreibers.

1. 6. Okt. 2026, 21:21 UTC, Automatische Prüfung

   Beginn der Beobachtung: Version 1.4.10.

Häufige Fragen